La parte interna del Golfo de Guayaquil está poblada por unas 100 000 hectáreas de manglar. La reserva ecológica Manglares Churute ocupa una gran porción de este ecositema en la provincia de Guayas, pero también cuenta con bosques húmedos y humedales. La entrada se ubica en el kilómetro 49 de la carretera Guayaquil-Machala

Desde la carretera principal se toma la vía que conduce a la comunidad de La Flora, en este lugar está el embarcadero desde el que zarpan los recorridos en lancha por los canales del manglar. Estos viajes son operados por pobladores de las comunidades que están dentro de la reserva. En el trayecto se pueden obsevar varias especies de garzas y aves marinas, así como aves migratorias del norte.

La reserva es también el lugar de producción de cangrejos, conchas, mejillones y ostiones que se consumen en Guayaquil. La cosecha de estos mariscos está regulada por acuerdos de uso sustentable de los recursos naturales entre las auotoridades ambientales y las comunidades locales.

En la parte interna sobresale la cordillera de Churute con los cerros Pancho Diablo y Masvale. En este último se puede recorrer el sendero de los monos aulladores, siempre bajo la ruidosa supervisión de esos primates. Hacia el lado oriental de Manglares Churute está la laguna del Canclón con una gran cantidad de aves acuáticas y el canclón, ave que da nombre a la laguna.

Cerca de Manglares Churute también se puede visitar el bosque protector Cerro de Hayas y el Complejo Turístico de la comunidad shuar.