El Monasterio de la Congregación de las madres Conceptas es el más antiguo claustro religioso de la ciudad; fue construido en 1559, dos años después que Cuenca fuese inaugurada. Se puede afirmar que prácticamente nació con ella. Al inicio, la casona en donde se estableció el claustro procedía de una dote entregada por jóvenes aspirantes como una donación a la comunidad religiosa. La Iglesia conventual empezó a ser erigida entre 1668 y 1729, y las edificaciones añadidas posteriormente registran intervencionesdesde 1800 hasta los primeros años del siglo XX.

La instalación de un Museo se concreta gracias a la intervención del Banco Central, la restauración de todo el edificio tomó tres años y en ella se procuró conservar los diseños originales e incluso se utilizaron los mismos materiales de construcción.

En esta época también se inició el escogimiento y documentación de las piezas que forman parte del museo. Las más antiguas se remontan a casi cuatrocientos años de antigüedad. Fue abierto al público 3 de noviembre de 1986, con 18 salas de exposición permanentes.

En la planta baja y a manera de introducción al público se halla una sala donde se muestran los aspectos más relevantes de la historia del Monasterio y de la comunidad. En otras salas, se privilegian los datos que reúnen la cotidianidad del convento.

Al continuar el recorrido hacia la planta alta, se pueden observar piezas de arte entre las que se muestran esculturas policromadas que datan de la época colonial hasta la republicana. El tema religioso se manifiesta en una enorme variedad de Cristos, Marías y Santos además de un cuantioso patrimonio en retablos, arte costumbrista y miniaturas. Las pinturas coloniales fueron creadas en una extensa gama de materiales que van desde tela, madera, latón hasta mármol. En cuanto al arte en madera, el mobiliario más notable procede de Europa y se combina con varios arcones tallados en la ciudad. Entre sus curiosidades, el museo conserva juguetes de la época colonial quelas postulantes llevaban consigo al unirse a la orden.

El Museo de las Conceptas es uno de los pocos edificios coloniales en la ciudad que se conserva intacto y está abierto de lunes a viernes de 08h00 a 18h30 y los sábados 10h00 a 13h00.