Uno de los museos más significativos de la costa ecuatoriana. Su muestra permanente hace énfasis en las culturas que se asentaron en la provincia de Manabí. Se exhiben piezas originales de las civilizaciones Valdivia, Chorrera, Machalilla, Jama – Coaque I y II, Bahía, Manteña. El orden de las piezas se organizado gracias a la etapa de desarrollo de cada una de ellas. El edificio tiene cinco pisos, de los cuales tres son de exhibición destinados a la arqueología y artes visuales.

Su creación estuvo motivada por la necesidad de disponer de un museo para Manabí que además conservase, clasificara y expusiera los materiales arqueológicos, etnográficos y de artes decorativas de todo el país.

El museo tiene dos salas para artes visuales. En la primera se encuentra "Claves del Arte", exhibición permanente que muestra de manera didáctica la producción de artistas ecuatorianos a lo largo del siglo XX y XXI. En la Sala Central se muestra "Arte para Bahía: una contribución de los artistas del Ecuador" que contiene el fondo visual del museo. La institución ha dado cabida a exposiciones de grabado, pintura, escultura y fotografía de prestigiosos artistas locales.
El Museo ofrece asimismo venta de libros y artesanías típicas de la región, un centro de Investigación y Restauración, centro Documental, servicio de guía bilingüe, área de Audiovisuales y un Auditorio de uso múltiple con capacidad para 150 personas.

La especialización en el campo de la Arqueología permite al Museo gozar de una reputación como un acreditado centro de investigaciones científicas.