Dentro del Parque Nacional Machalilla, se encuentra la comuna de Agua Blanca. Históricamente, cuatro señoríos manteños controlaron la zona durante la época precolombina, siendo Agua Blanca el lugar de asentamiento del más grande de ellos. Aquí fueron identificadas alrededor de 600 estructuras y se conservan los muros y hornos originales. Las edificaciones se encuentran ubicadas en las montañas que rodean el valle y en las lomas que surgen en su interior.

El museo nació en 1979, gracias a las investigaciones realizadas por Colin Mc Ewan, arqueólogo estadounidense. Las piezas que se exhiben, constituyen una muestra del 30% del material encontrado por Mc Ewan yse han determinado la presencia de seis culturas: Valdivia, Bahía, Chorrera, Guangala, Manteño y Machalilla. En la muestra permanente se sintetizala actividad del sitio ya través de maquetas, series cronológicas, mapas, así como explicaciones en español y en inglés, se profundiza en las funciones de los objetos encontrados.

Las piezas son de cerámica y entre ellas pueden encontrarse urnas funerarias, vasijas de uso ceremonial y doméstico. En cuanto a los objetos de piedra, hay columnas y sillas manteñas. En menor medida pueden observarse utensilios deconcha, hueso, y turquesa. En todos ellos prevalecen los motivos inspirados en aves y felinos. Se mantiene la hipótesis de que estos grupos practicaban el comercio con las actuales áreas de México, Perú y Chile por medio de embarcaciones fabricadas de balsa.

Los habitantes de las comunidades de la zona, orgullosos de su acervo histórico, emprendieron un esfuerzo de conservación de este sitio, así como una promoción de sus expresiones culturales. El patrimonio arqueológico está administrado por familias locales y son los mismos pobladores quienes se han convertido en los promotores y guardianes de Agua Blanca como un destino arqueológico internacional. Las actividades turísticas incluyen visitas guiadas a los sitios localizados en el parque y recorridos por el museo.