Un santuario de vida silvestre y el territorio ancestral de las nacionalidades Siona y Secoya es la Reserva de Producción Faunística Cuyabeno, ubicada al nororiente del país, forma parte de las provincias de Sucumbíos y Orellana, al sur del río Güeppí y al oeste del río Lagartococha. Su temperatura media anual es de 24ºC, los meses de abril y noviembre tienden a ser húmedos, mientras que entre diciembre y enero es la época más seca cuando las aguas de lagunas y ríos son extremadamente bajas e imposibles de navegar.

Aguas blancas y negras circulan por sus 603.380 hectáreas, estás forma un sistema lacustre de 14 lagunas comunicadas entre sí por pequeños canales. Ríos blancos como el Cuyabeno son ricos en sedimentos, los ríos de colores oscuros nacen en la misma llanura amazónica y contienen grandes compuestos orgánicos producto de la descomposición.

Su gran diversidad de micro-hábitats, abundante vegetación acuática y terrestre, peces, anfibios, reptiles, aves y mamíferos, le otorga gran importancia para la investigación y para la conservación. Se estima que alberga alrededor de 1.350 especies de vertebrados; 81 especies de anfibios; 56 ejemplares de reptiles. El 32,21% de la diversidad de aves del Ecuador habita esta zona que además que constituye un refugio para las aves migratorias del continente americano.

Mamíferos en peligro crítico como la nutria gigante, el manatí y los delfines de río aún se encuentran dentro de la reserva al igual 22 especies catalogadas como amenazadas dentro de lista roja de mamíferos del país.

En sus bosques sobresale la presencia del guarango, el tronco de este árbol que muchas veces está cubierto por agua, es considerado uno de los árboles más antiguos de Sudamérica, generalmente se lo encuentra entremezclado con árboles más pequeños y arbustos.