La Reserva Biológica Limoncocha está ubicada en la provincia de Sucumbíos, cantón Shushufindi en la margen izquierda del río Napo. Capocuy nombre con la que la bautizaron los Omagua es un enorme espejo de agua, espacio biodiverso rodeado por árboles y verde vegetación del bosque húmedo tropical.

Los Omaguas, la primera tribu que poblo las orillas del río Napo hicieron de esta laguna una despensa viva de alimento, de ella susbtraian especies acuáticas para su alimentación. Restos arqueológicos de este pueblo suponen la existencia de un cementerio o templo ceremonial omagua en este territorio.

Su apacible paisaje esconde entre pantanos permanentes, tierras inundadas, tierra firme y ecosistemas acuáticos una inmensa variedad de especies, en sólo 12 kilómetros cuadrados se han inventariado 347 ejemplares. Bajo el agua caimanes negros se alimentan de peces, en las noches su cuerpo de hasta 6 metros de longitud puede ser visto en las orillas pantanosas.

Sobre las ramas de árboles caídos descansan pequeñas charapas, tortugas que viven amenazadas por la sobreexplotación de sus huevos. La variedad de mamíferos es grande, el mono nocturno y aullador, la guanta, el armadillo gigante, el jaguar.

Las aves encuentran en este humedal un hogar permanente gracias a los nutritientes que la coponen, el azul blanquesino del cielo que la cobija se tintura de los colores de las alas de tortolas azuladas, garzas, gallinetas, colibríes, papagayos, tucanes.

El bosque de tierra firme es una espacio selvático con árboles emergentes de raíces tablares bien desarrolladas y un dosel a más de 40 metros por encima del suelo, formado por ramas que se superponen y de hojas de árboles de ceibo, cedro, guarumo, caripona, moral, guacamayo caspi, laurel, cana brava, platanillo, guabas, pambil.

El Gobierno Nacional la declaró área protegida en 1985, es considera una de las zonas de mayor biodiversidad del mundo.